Akademi Keperawatan Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur yang bertempat di Jalan Anggur No. 88 Samarinda semula bernama Akper Abdul Wahab Sjahranie Samarinda yang ditetapkan dengan Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tk. I Kaltim No. 022/SK/Diklat/1990 tanggal 1 September 1990. Sejak berdirinya, institusi ini menempati ruangan di RSU A. Wahab Sjahranie Samarinda, Jalan Dr. Sutomo Samarinda, dan menjadi akademi keperawatan pertama di Kalimantan Timur sesuai dengan SK Gubernur Nomor 464 Tahun 1991 tanggal 8 Oktober 1991 sebagai unit pelaksana teknis pemerintah daerah yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada kepala daerah. Seiring perkembangan regulasi dan otonomi daerah, berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kaltim Nomor 16 Tahun 2001 tanggal 24 September 2001, kedudukan Akademi Keperawatan Pemprov Kaltim diubah menjadi Unit Pelaksana Teknis Daerah Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Timur yang dipimpin oleh seorang kepala dan dalam pelaksanaan tugasnya berada di bawah serta bertanggung jawab kepada Kepala Dinas Kesehatan Kalimantan Timur.

Akademi Keperawatan ini mulai menerima mahasiswa baru pada tahun 1990/1991 dengan jumlah 31 orang berstatus Pegawai Negeri Sipil tugas belajar. Pendidikan ini dipersiapkan untuk memenuhi kebutuhan tenaga keperawatan tingkat Ahli Madya bagi rumah sakit dan puskesmas di Kalimantan Timur.

Para perintis institusi ini membentuk tim kerja yang terdiri dari dr. T.M. Sinaga, Susanto SMIP, Drs. Marsono, Hj. Siti Amaniah, Dra. Hj. Farida Widyawati, Drs. Yanto, dr. Sofyan Hasdam, Sp.S, dan Happy Gunawan, B.Sc, S.Pd.

Pada awal operasional, institusi ini dipimpin oleh Dra. Nursima hingga tahun 1992 dan dibantu beberapa staf dari RSU AWS serta Kantor Gubernur Kalimantan Timur. Selanjutnya jabatan Direktur Akper dipegang oleh Hartianah Z, S.Kp hingga tahun 2001, kemudian dilanjutkan oleh Happy Gunawan, B.Sc, S.Pd hingga April 2002. Sejak April 2002, kedudukan Akper berubah menjadi UPTD pada Dinas Kesehatan Provinsi Kaltim dengan Pelaksana Tugas Drs. H. Hamsyi Djamhary, MM. Pada Oktober 2003, Kepala UPTD Akper Pemprov Kaltim dijabat oleh Dra. Hj. Rusdiaty, A.Md.Kep. Pada tanggal 17 Mei 2010, jabatan tersebut dipegang oleh Achmad Saubani, S.SiT, M.Si.

Akper Pemprov Kaltim telah melaksanakan beberapa kali akreditasi. Salah satu capaian akreditasi yang tercantum adalah Akreditasi dari Pusdiknakes Depkes RI tanggal 17 Juni 2011 dengan nilai Strata A (89,65).